自分は１つ前携帯のファイルをSDに移して、前の携帯でSDみると順番通りなのに今の携帯でSDみると順番通りじゃない。
自分はメールじゃなくて写メだから別に気にしてないし直す気もないけど。

ソート条件を日付順とかにしたり色々いじってみたら？
それでも直らないならドコモショップに行くのが良いかと。