マジコン出身？のポケモンって一応、改造にあたりますよね？

ポケモン交換希望してきた人のHGSSがどうもマジコンらしくて、ちょっと待ってもらってる状態で…
改造ポケモンを正規のソフトに入れると配信貰えなくなるって聞いたので不安です…詳しい方お願いします！